La fisica computazionale "in aiuto" agli esperimenti biologici sul genoma

I modelli computazionali "al servizio" della comprensione del genoma. Un team di ricercatori di Fisica dell'Università di Friburgo, dell'FMI di Basilea e dell'Università Statale di Milano, con il coinvolgimento del docente di Fisica della materia del dipartimento di Fisica "Aldo Pontremoli", Guido Tiana, ha studiato il ruolo della proteina HP1 nell’organizzazione spaziale del genoma di embrioni del moscerino della frutta ricorrendo a modelli della fisica dei polimeri utilizzati per capire il ruolo della proteina a una risoluzione spaziale a cui gli esperimenti non possono arrivare. Il lavoro è stato pubblicato sulla rivista Nature.

La struttura tridimensionale del genoma è fondamentale per controllare l’attività dei geni. Le tecniche sperimentali che permettono di investigare questa struttura sono molto lunghe e complesse, anche perché devono agire su cellule vive. Un aiuto in questo senso può arrivare, come dimostra lo studio, da modelli computazionali che diventano indispensabili per arrivare là dove gli esperimenti non possono arrivare.

I ricercatori, combinando esperimenti con simulazioni al calcolatore della fibra cromatinica, hanno così identificato HP1 come regolatore epigenetico responsabile per il ripiegamento delle braccia dei cromosomi ma non per la modulazione della loro compartimentalizzazione.

Il link allo studio pubblicato su Nature.