Trasparenza e qualità della ricerca: su Nature Methods la storia di PLUMED-NEST repository

Esperimenti al computer per studiare le molecole

Le simulazioni di dinamica molecolare sono oggi uno strumento indispensabile per comprendere i meccanismi più raffinati delle molecole, per predirne il comportamento e per interpretare i risultati ottenuti con gli esperimenti. Le innovazioni nel campo stanno emergendo sempre più in fretta, con applicazioni in campo medico, industriale e di ricerca, mentre un grande sforzo viene fatto per definire le migliori pratiche e per assicurare il massimo beneficio a chi lavora in questo settore. "Molte di queste sfide non possono essere vinte da soli" - scrivono gli autori nel testo di Nature Methods - per questo uno sforzo condiviso è richiesto dall'intera comunità".

La sfida di PLUMED

Le sfide, in effetti, sono tante. Di carattere tecnico, innanzitutto. Un esempio? "Metodi di simulazione che hanno un forte potenziale in differenti campi non possono essere incorporati in diversi tipi di software, dal momento che ognuno dei codici utilizzati è ottimizzato per specifiche applicazioni e può essere scritto in un diverso linguaggio di programmazione" -  spiegano gli scienziati. "Una strategia per risolvere il problema fu proprio la creazione, piuttosto pioneristica, di PLUMED" - raccontano gli studiosi. "Il progetto voleva fornire diversi servizi di carattere tecnico per superare questi limiti in un campo specifico, quello delle cosiddette enhanced molecular simulations, in cui si studiano eventi che avvengono su scale di tempo molto lunghe grazie a un'accelerazione dei processi". Col tempo PLUMED è diventato una piattaforma ampiamente utilizzata in cui nuove tecniche implementate hanno potuto essere rapidamente condivise, rendendole così accessibili e facili all'uso per tutti. Usando una sintassi comune per tutti i programmi, PLUMED permette così la validazione incrociata di diversi esperimenti di dinamica molecolare e, anche, la contaminazione di idee tra aree molto diverse, come la chimica, la biofisica e le scienze dei materiali.

Dal PLUMED Consortium al PLUMED-NEST

Ma non c’è solo questo, spiegano gli autori dell'articolo, in cui si annuncia la fondazione del PLUMED Consortium, formato da decine di scienziati e programmatori attivi in tutti il mondo nel campo della dinamica molecolare. Obiettivo dell'iniziativa? Tra gli altri, quello di aumentare la riproducibilità degli esperimenti, accrescere l'impatto delle ricerche e promuovere le buone pratiche per la simulazione, con un approccio community-driven. Per farlo, gli scienziati del consorzio si impegnano a condividere i file e i protocolli delle simulazioni utilizzati nei loro lavori scientifici in un vero e proprio archivio, chiamato PLUMED-NEST. "Un'iniziativa utile anche per la formazione perché permetterà a tutti i giovani scienziati che si avvicinano a questo mondo di fare pratica e ripetere gli esperimenti fatti da altri. Con un valore formativo molto importante" - spiegano gli autori. Che concludono: "Crediamo fortemente che questa nuova organizzazione rappresenti un bell'esempio di progetto community-driven che è il cuore dello sviluppo dei software open source. Per questo, tutti coloro che condividono la nostra visione sono assolutamente benvenuti nella community".

Leggi il comunicato stampa congiunto nella nostra Press room.