“BulkECexplorer” permette una migliore rappresentazione del trascrittoma funzionale delle cellule endoteliali che rivestono internamente i vasi sanguigni
Si chiama “BulkECexplorer” ed è una risorsa online gratuita - accessibile anche per chi non ha esperienza specifica di bioinformatica -, importante strumento per la conoscenza della biologia dei vasi sanguigni.
“BulkECexplorer”, al centro di un articolo pubblicato sulla rivista Nature Cardiovascular Research, è stato messo a punto grazie alla collaborazione tra il Vascular Physiology lab (Fantin lab), guidato da Alessandro Fantin, docente di Fisiologia del dipartimento di Bioscienze dell’Università Statale di Milano, e ricercatori dello University College London.
Raccogliendo più di 200 studi trascrittomici pubblicati, “BulkECexplorer” permette una migliore rappresentazione del trascrittoma funzionale delle cellule endoteliali che rivestono internamente i vasi sanguigni. Una conoscenza che si rivela un fondamentale alleato nella lotta a molte patologie: vasi sanguigni disfunzionali sono, infatti, il comune denominatore di moltissime gravi malattie, dai tumori solidi alle malattie cardiovascolari come infarto e ictus.
“BulkECexplorer”, in particolare, permette di valutare e comparare i livelli di espressione di un gene di interesse in diversi sottotipi di cellule endoteliali, e predire se geni espressi a livelli bassi siano il prodotto irrilevante di trascrizione genica “leaky” o siano invece espressi attivamente a livelli funzionali.
“Si tratta di una interfaccia conveniente e affidabile per qualunque ricercatore volesse valutare se il gene o i geni di interesse sono espressi attivamente nelle cellule endoteliali e prioritizzare di conseguenza successivi studi funzionali. Costituisce inoltre un template per costruire risorse simili anche per altri tipi cellulari”, commenta Alessandro Fantin.
Il link allo studio pubblicato su Nature Cardiovascular Research.
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